В эмуляции с входами и выходами ни контроллера ни модулей вы ничего сделать не сможете, это будут просто переменные.
Что касается %q и тд., то конкретный набор чисел не связан с определенным параметром опроса. В одном проекте это может быть вход МВА, а в другом - выход трм 200. Все зависит от тех настроек, которые вы делаете в конфигурации ПЛК.

Посмотрите описание подключения модулей к ПЛК здесь (http://www.owen.ru/forum/showthread.php?t=551). Большая часть вопросов, думаю, получит ответ.