Ограничение в 65535 импульсов только на время между циклами (цикл ~ 1мс). В каждом проходе вам следует скидывать накопленное значение в переменную, ибо считывание этой переменной одновременно ее обнуляет.
А дальше, уже с этой переменной, делайте что хотите ))))
