Да, есть такая проблема. Два выхода: 1) реализовать модбас в своей программе (библы есть); либо 2) ставить время опроса учитывая число опрашиваемых регистров (минимум в 10 мс можно обойти экспортом-импортом конфигурации в текстовый файл).