Какая у Вас ОС?
У меня с Vista наблюдается такой же недостаток.
То есть ctrl-v работает, а вот ctrl-c нет, так что ничего не копируется, и по этому вставляется старое содержание буфера.
Решение проблемы - вставьте в папку с установленным Codesys файл: