>Я же не пишу на ассемблере программу, а использую среду разработки высокого уровня, имхо даже если я что-то делаю не так, то это не должно приводить к вылетанию среды исполнения.

Вы совершенно правы, это не нормальное поведение.
На данный момент проблема исследуется.

>Неужели весь проект надо снова вводить ручками в пустой проект в новой версии Codesys.

Попробуйте импортировать только программные блоки и визуализацию

>Не факт, что поможет. Тестовый пример занимает меньше памяти, может поэтому и работает?

Аналогичный тестовый проект созданный в CDS 3.5.3 Patch 5 зависает