У меня такая же проблема. Codesys v.2.3.9.6 не может компилировать пример из "Руководства пользователя" и Projects/example.pro. В то же время Projects/First Steps.pro коипилируется нормально. Codesys устанавливался под Windows XP и на работе и на домашнем ноутбуке. Помогает замена Codesys на предыдущию версию v.2.3.8.1