Это ошибка самого CODESYS. Связана с тем, что среда программирования в режиме онлайн пытается стартануть сразу несколько визуализаций. Контроллер не успевает еще загрузить ни одну из визуализаций, а CODESYS требует сразу отобразить все открытые. Это наблюдается, только если в самом CODESYS открыто несколько окон визуализации. Лечится просто. Меню окна- закрыть все редакторы. Далее программа перекомпилируется и загружается заново.

3S обещали эту проблему исправить.