Вы по какому интерфейсу опрашиваете контроллер?
Пришлите нам лог обмена в момент зависания обмена. Для этого в настройках сервера включить запись журнала и всех действий. Лог формируется в папку:
c:\Documents and Settings\All Users\Application Data\InSAT\MasterOPC Universal Modbus Server\SERVERLOGS\
Укажите момент когда произошло зависание.
Также пришлите конфигурацию ОРС сервера.