для создания цепочки опрашиваемых модулей вам надо:
вход enable следующего модуля соединить с выходом done предыдущего.
для первого блока надо выход блока com_conn.done пропустить через R_Trig и объединить через OR c выходом Done последнего опрашиваемого модуля.

R_Trig(clk:=Com_Conn.done);
Mod_1.enable := Mod_n.done or R.Trig.q;
Mod_1();
Mod_2.Enable:= Mod_1.done;
Mod_2();
Mod_3.Enable:=Mod_2.Done;
Mod_3();
...