Вы используете SQLite, которая по умолчанию идет? Если да, то удалять надо EventsData.db. По умолчанию они расположены:
Если проект запускается в среде исполнения, входящей в состав среды разработки, то архив будет хранится в папке: <профиль пользователя>\AppData\Roaming\InSAT\<продукт>\Debu g_<имя проекта>\<имя узла>\PLC\EventsData.db.

В среде исполнения, установленной независимо от среды разработки, файл архива будет храниться в папке: c:\Users\[имя пользователя]\AppData\Roaming\InSAT\MasterSCADA4DRT1.2\Server\E ventsData.db
Просто удаляете его и все. При запуске режима исполнения скада создаст новый файл базы данных.