Для того чтобы запустить masterSCADA сразу в режим исполнения нужно создать*для MasterSCADA, а затем в свойствах ярлыка указываете запускать MasterSCADA с параметрами - с нужным вам проектом. Подробнее вы можете прочитать в справке. Раздел "Работа в режиме исполнения - Запуск проекта из командной строки и по*ярлыку".