Вот посмотрите что вырисовывается:
Расходомер_3.PNG
При других равных условиях, должно получиться при работе раз в 10 точнее, если цикл программы укладывается в 1 мс, лучше с Вашими настройками генератора импульсов и соответствующих связанных с этим констант!
А там и настройки ПИД-регулятора влияют, но уже более-менее работает! Или Вы горизонтальной линии ждали?!
Если показания скачут, можно сгладить, как-то так:
Среднее за период.PNG
http://www.owen.ru/forum/showthread.php?t=13106&page=2