Действие

При пошаговом прохождении последовательной функциональной схемы (SFC) выполняются только основные действия, входные и выходные действия не выполняются (синим цветом закрашиваются основные поля, а входные и выходные поля остаются белыми
(не происходит вхождене в эти поля).
В чем может быть дело?

Вхождение в эти поля происходит не видимым для Вас образом.
То есть входное действие выполняется единожды при переходе в этот шаг.
Следовательно пытаться вставить туда регуляторы или таймеры - неправильно - только присвоения. Это действие, которое выполнится только один раз...
То же самое с выходыми действиями.
Всю программу расчета, управления и всего остального лучше писать в шаге.

Почему тогда различаются результаты при пошаговом выполнении (F8)
и нормальном?

Похоже, что Вы смешиваете упрощенный SFC и МЭК вариант. В упрощенном SFC в отладчике выделяются только шаги (больше то ничего и нет). Входные/выходные действия вызываются и в пошаговом режиме, но никаких 'полей' не выделяется.
В МЭК SFC есть действия выделяются синим. Однако, в МЭК SFC обычно не используют входные/выходные действия из упрощенного SFC…
При 'нормальном' выполнении некоторые действия проскакивают быстро и промежуточных результатов вычислений просто не видно. При пошаговом выполнении таймеры опрашиваются соответственно с частотой 'шагания' (иначе то никак), соотв-но результаты вполне могут отличаться. Нужно аккуратно и осмысленно оценивать результаты отладки.
См. статьи "Отладка прикладных ПЛК программ в CoDeSys" части 6-8.