Директивы компилятора

Есть ли какие нибудь директивы копилятора в CodeSys?

Например для того, чтобы включить/отключить куски отладочного кода.

нет, механизм отладки кардинально отличается от того, что есть в компиляторах типа С и отладочная информация в проекте не содержится.