С каким исходником и что именно Вы делаете в Paint?
Я экспериментирую вот с этим: (см. вложение ниже).
В нем нет никаких артефактов. Строго два цвета - черный и белый.
Paint, встроенный в Windows, сам по себе глючит.
Заливка фона в Paint:
Вложение 64918
То же действие, выполненное в Paint.Net:
Вложение 64919
Как видите, PaintNet не добавляет лишние пиксели в заливку, а Paint и Конфигуратор - добавляют.
Так что дело не в исходнике, а в кривости алгоритма обработки изображения в самом Конфигураторе.