Установка и разъединение связей в режиме исполнения.

Есть одно окно управления одним насосом, которую хочу связать с одним из нескольких насосов по которому кликнули.
Как связать входа-выхода окна управления и объекта насоса в режиме исполнения?

В режиме исполнения их связывать нельзя.
Сделайте окно для каждого из насоса. Если использовать тиражирование, то это делается элементарно

Тиражирование это "Дублировать"?
А если понадобится подправить внешний вид окна управления, надо будет для каждого насоса пересоздавать объект управления заново.

Да, это дублировать.
Чтобы иметь возможность править внешний вид окна есть функция шаблон-экземпляр.
Посмотрите в видеопримерах - там это показано.
Также описано в методичке:
http://www.masterscada.ru/files/art_...step/Metod.pdf